Не путать с "Вести учет по нескольким организациям", она включена, справочник организаций есть, но в документах не показывается. может если вторую организацию добавить только?
Фишка в том, что не доступны "Все функции"
Вот где используется.

Объект "Константа.ИспользоватьНесколькоОрганизаций" использован в:
Подсистема.ЗарплатаКадрыПриложения.Подсистема.БазовыеСправочныеДанные.Подсистема.Организации.Состав
ПланОбмена.АвтономнаяРабота.Состав
ПланОбмена.МиграцияПриложений.Состав
ПланОбмена.ОбновлениеИнформационнойБазы.Состав
ПланОбмена.Полный.Состав
ПланОбмена.ПоОрганизации.Состав
ПодпискаНаСобытие.АвтономнаяРаботаРегистрацияКонстанты.Источник
ПодпискаНаСобытие.ПолныйРегистрацияКонстанты.Источник
ПодпискаНаСобытие.ПоОрганизацииРегистрацияКонстанты.Источник
ФункциональнаяОпция.ИспользоватьНесколькоОрганизаций.Хранение
ФункциональнаяОпция.ИспользоватьНесколькоОрганизацийБухгалтерскийУчет.Хранение
ФункциональнаяОпция.ИспользоватьНесколькоОрганизацийБЭД.Хранение
ФункциональнаяОпция.ИспользоватьНесколькоОрганизацийЗарплатаКадрыБазовая.Хранение
ФункциональнаяОпция.ИспользоватьНесколькоОрганизацийЗарплатаКадрыРасширенная.Хранение
ФункциональнаяОпция.ИспользоватьНесколькоОрганизацийРегламентированнаяОтчетность.Хранение
ОпределяемыйТип.КонстантыУправляющиеФункциональнымиОпциямиБЗК.Тип
ОпределяемыйТип.МестоХраненияФункциональныхОпций.Тип
ОбщийМодуль.ОбщегоНазначенияБП.Модуль(2763, 48)
ОбщийМодуль.ОрганизацииСлужебный.Модуль(60, 13)
ОбщийМодуль.СервисЭлектронныхТрудовыхКнижек.Модуль(1046, 12)
Константа.ВестиУчетПоОрганизациям.МодульМенеджераЗначения(37, 13)
Справочник.Организации.МодульМенеджера(39, 21)
Справочник.Организации.МодульМенеджера(145, 27)
Справочник.Организации.МодульМенеджера(150, 16)
Справочник.Организации.МодульМенеджера(2088, 13)
Справочник.Организации.МодульМенеджера(2198, 12)
Справочник.Организации.МодульОбъекта(563, 13)
ОбщийМодуль.ЗакрытиеМесяца.Модуль(210, 37)
ОбщийМодуль.ЗарплатаКадры.Модуль(7035, 53)
ОбщийМодуль.ЗарплатаКадры.Модуль(7036, 78)
ОбщийМодуль.ЗарплатаКадрыОтчетыБазовый.Модуль(62, 32)
ОбщийМодуль.ОбщегоНазначенияБП.Модуль(2761, 74)
ОбщийМодуль.ОбщегоНазначенияСобытияФормИСПереопределяемый.Модуль(91, 39)
ОбщийМодуль.ОбщегоНазначенияСобытияФормИСПереопределяемый.Модуль(250, 40)
ОбщийМодуль.ОбщегоНазначенияСобытияФормИСПереопределяемый.Модуль(253, 42)
ОбщийМодуль.ОнлайнОплатыПереопределяемый.Модуль(187, 62)
ОбщийМодуль.ОрганизацииСлужебный.Модуль(56, 37)
ОбщийМодуль.СервисСверкиРасчетовБП.Модуль(631, 56)
ОбщийМодуль.СервисСверкиРасчетовПереопределяемый.Модуль(565, 39)
ОбщийМодуль.СотрудникиФормы.Модуль(1446, 38)
ОбщийМодуль.СотрудникиФормыБазовый.Модуль(272, 40)
ОбщийМодуль.УчетЗарплаты.Модуль(17511, 36)
ПланОбмена.СинхронизацияДанныхЧерезУниверсальныйФормат.Форма.ФормаУзла.Форма.Модуль(326, 49)
Константа.ВестиУчетПоОрганизациям.МодульМенеджераЗначения(36, 50)
ОбщаяФорма.ИндикацияХодаПроцесса.Форма.Модуль(14, 66)
ОбщаяФорма.ИнтеграцияСПорталомРаботаРоссии.Форма.Модуль(6, 39)
ОбщаяФорма.ИнтеграцияССервисомСверкиРасчетов.Форма.Модуль(196, 41)
ОбщаяФорма.ИнтеграцияССервисомСверкиРасчетов.Форма.Модуль(197, 43)
ОбщаяФорма.ИнтеграцияССервисомСверкиРасчетов.Форма.Модуль(198, 47)
ОбщаяФорма.ИнтеграцияССервисомСверкиРасчетов.Форма.Модуль(199, 49)
ОбщаяФорма.ИнтеграцияССервисомСверкиРасчетов.Форма.Модуль(269, 13)
ОбщаяФорма.ИнтеграцияССервисомСверкиРасчетов.Форма.Модуль(476, 18)
Справочник.Организации.МодульМенеджера(36, 40)
Справочник.Организации.МодульМенеджера(2084, 36)
Справочник.Организации.МодульОбъекта(559, 37)
Справочник.Организации.Форма.ФормаСписка.Форма.Модуль(292, 4)
Справочник.Организации.Форма.ФормаСписка.Форма.Модуль(314, 4)
Справочник.СервисСверкиРасчетовНастройкиОповещенийПользователей.Форма.ФормаПерсональнойНастройки.Форма.Модуль(191, 63)
Справочник.Сотрудники.Форма.ПриемНаРаботуУпрощенный.Форма.Модуль(161, 17)
Справочник.Сотрудники.Форма.ПриемНаРаботуУпрощенный.Форма.Модуль(193, 20)
Справочник.Сотрудники.Форма.ФормаЭлемента.Форма.Модуль(824, 4)
Справочник.Сотрудники.Форма.ФормаЭлемента.Форма.Модуль(3064, 71)
Документ.ЗаявкаНаКредит.Форма.ФормаДокумента.Форма.Модуль(4224, 66)
Документ.ЗаявкаНаОткрытиеСчета.Форма.ФормаДокумента.Форма.Модуль(2939, 66)
Документ.Партия.Форма.ФормаВыбора.Форма.Модуль(201, 41)
Документ.СверкаСФНСПоИмущественнымНалогам.Форма.ФормаЗадачи.Форма.Модуль(128, 66)
Документ.СверкаСФНСПоИмущественнымНалогам.Форма.ФормаСверки.Форма.Модуль(519, 66)
Отчет.РасшифровкаЗадолженности.Форма.ФормаОтчета.Форма.Модуль(121, 38)
Обработка.ПодключениеАУСН.Форма.Форма.Форма.Модуль(275, 64)
Обработка.ПодключениеАУСН.Форма.ФормаПодключение.Форма.Модуль(13, 64)
Обработка.ПомощникЗаполнения3НДФЛ.МодульМенеджера(11190, 23)
Обработка.ПомощникЗаполнения3НДФЛ.Форма.УплатаАвансовыхПлатежейНДФЛ.Форма.Модуль(1131, 74)
Обработка.ПомощникЗаполнения3НДФЛ.Форма.УплатаАвансовыхПлатежейНДФЛ.Форма.Модуль(1133, 21)
Обработка.ПомощникУплатыНалога.Форма.Форма.Форма.Модуль(1048, 66)
Обработка.ПомощникУплатыНалога.Форма.ФормаЕдиная.Форма.Модуль(1056, 66)
Обработка.РегистрацияОрганизации.Форма.ВнесениеИзмененийЕГР.Форма.Модуль(1587, 75)
РегистрСведений.ЖурналСтатусовФинОтчетностиВБанки.Форма.ФормаСозданияНовогоОтчета.Форма.Модуль(30, 39)
РегистрСведений.СостояниеЗаявокНаКредит.Форма.ИнформацияПоЗаявкеНаКредит.Форма.Модуль(411, 36)
РегистрСведений.СостояниеЗаявокНаОткрытиеСчета.Форма.ИнформацияПоЗаявкеНаОткрытиеСчета.Форма.Модуль(447, 36)

UPD: нашел, поставить нельзя, надо создать вторую организацию, тогда включится... Мрак-с.