подразумеваем типовую УТ 11.5

ПРЕДПОЛОЖИМ
1. в офис приходит физлицо, вносит предоплату за маркируемый товар, ему пробивают, отдают на руки какой-то чек, (пока без марок ЧЗ, скорее всего из ПКО) и дают складские бумажки

2. далее чел едет на удаленный на расстоянии склад, за это время кладовщики собирают товар из заказа, в т.ч. и сканируют марки ЧЗ

3. выдаем товар и тут возникает вопрос вывода марок из оборота: после выдачи товара в офисе пробивают второй чек уже с марками? Откуда, из реализации? Или вместо этого делать дополнительный вывод из оборота?

вообще такая схема возможна?
или только как для розничных продаж на складе ставить ККТ?

потому как принимать нал, отправлять на склад, заставлять клиента вернуться в офис за пробитием чека - как-то не реально

Да никакой проблемы.
1. Пробиваете чек на аванс от документа оплаты, привязанного к заказу клиента
2. Пробиваете чек из реализации на продажу с типом оплаты предоплата (1С такое спокойно формирует автоматом), где уже фигурируют марки.
Если хотите, чтобы клиент никуда не бегал - или ставите на складе ККТ, или сами несете чек из реализации на склад.
Вывести из оборота при продаже физику без ККТ не получится.

(1) спасибо, а третий вариант, оставить чек в офисе до следующего посещения (читай выкинуть через полгода) - на сколько наказуем, если сразу не всучили чек в руки?

(2) Тут будет его слово против вашего: скажете чек давали, чел не взял. Заставить его взять чек вы не в праве. Если дата/время в чеке будет правильное, то доказать нарушение будет нереально.

интересно, а как выглядит схема продажи маркированного товара через интернет-магазин, для заказа предоплаченного физиком банковской картой?

так же через чек из реализации с типом оплаты "предоплата"?