Вопрос: возможно ли синхронизировать только по владельцу справочник договоры. Или КД автоматически подставит еще уникальное поле(например код)? Судя по всему именно так и происходит.

у тебя связка контрагент - договор, один к одному?

нет. пусть возьмет любой который уже есть.

(2)

Т.е. организация, валюта, тип договора -- (продажа, закупка) -- без разницы ?

При долговременной эксплуатации -- отличный план.

(3)надо остатки перекинуть там как правило уже есть один договор, его и нужно взять.

(4) перекидывай на тот договор, где есть остатки.

по какому реквизиту его искать в базе приемнике? или предлагаешь проставить в документ ввода остатков после загрузки? там просто после загрузки еще всякие обработчики работают. не хотелось бы там разбираться.(

(4) а вас бухи не убьют, что вы все остатки на один, первый попавшийся, договор скинули?