В бухгалтерии указано, что нужно удалять руками, а в КА не указано ни чего.

Начал удалять после того как словил пару косяков при обновлении

Да, удаляю. Тоже ловил косяки.
Так что теперь всегда и везде, даже если в порядке обновления об этом ничего не сказано.
А после обновления через "Интернет-поддержка->обновления" устанавливаю все патчи, ибо ждать, когда они сами по расписанию установятся, не имеет смысла, надо, чтобы свеженькие патчи были установлены сразу после обновления..

Не встречал инструкции, где не было бы указано на необходимость удаления патчей.
Поэтому всегда удаляю вручную. Не смотря на то, что знаю о стандартной функции БСП, автоматически удаляющей патчи. Просто на всякий случай.

Подробно вопрос не изучал - как устроено удаление патчей при обновлении. Могу предположить, что чисто теоретически может случится такое, что какие-либо обработчики обновления, выполняемые при первом запуске конфигурации после обновления, могут вступить в конфликт с патчами-расширениями.
А в документации БСП к методу ОбновлениеКонфигурации.ИсправленияИзменены(), который собственной удаляет устаревшие патчи, написано следующее.

"Важно: Выполненные действия применятся после перезапуска сеанса."

То есть по логике сначала должны быть удалены все патчи. Потом сеанс должен быть перезапущен, чтобы выполненные действия применились. И только затем в перезапущенном сеанса уже можно будет выполнить Результат = ОбновлениеИнформационнойБазы.ВыполнитьОбновлениеИнформационнойБазы(ВыполнятьОтложенныеОбработчики).

Когда был ответственным за обновления типовых БП, ЗУП и КА удалял вручную
В режиме предприятия их можно выделить все и списком того