(0) "Скопируются ли изменения конфигурации, они хранятся в плане обмена?" - нет, не скопируются - они платформой автоматически регистрируются для планов обмена с отметкой "РИБ", пользователю нет необходимости/возможности их "копировать".
PS: регистрация изменений хранится в самих объектах, включенных в состав плана обмена; данные изменения конфигурации - в специальных служебных таблицах.
Требовать и эффективности, и гибкости от одной и той же программы — все равно, что искать очаровательную и скромную жену... по-видимому, нам следует остановиться на чем-то одном из двух. Фредерик Брукс-младший