Есть две базы, которые обмениваются данными.
Из первой выгрузили, во второй некоторое элементы поудаляли. При обмене из второй в первую приходит информация об удалении и объекты тоже удаляются. Как удалить факт удаления во второй? где это хранится и как зачистить? Обмен обычный, через планы обмена.

Там же, где и все изменения, которые передаются...
Странный вопрос...

(1) дык вспомнить не могу где. помню, что смотрел где-то

Обработка регистрации изменений?
В ОФ такие были, в УФ - можно тоже поискать.

обработка ругается на задвоение ключевых полей, хочу посмотреть что там такое

Запросом посмотри. К таблице изменений.

(5) Точно! Вот это забыл. Спасибо!