У сотрудника 2 вычета (126 и 127). В январе, феврале, марте эти вычеты нормально подсчитались и применились. В апреле первым документом по нему делается отпуск (с 12 по 20 апреля). При расчете документа во вкладке НДФЛ применение вычетов показывается, но сумма НДФЛ считается как без вычета. Превышения суммы нет. Далее, если сделать начисление зарплаты концом месяца - то НДФЛ рассчитается в итоге по месяцу правильно, с учетом вычетов.

Из-за чего в документе вычет может применяться, но на сумме НДФЛ - не отразиться? Даты все апрельские.

дата выплаты отпускных тоже апрель?

(1) Да, всё апрельское.

(0) Расчетные регистры дорабатывались?

(3) Доработок нет.

(0) А может вычет на НДФЛ уже начислили вместе с отпускными?

Из обнаруженного путем экспериментов: если распровести отпуск и начислить премию - то вычет тоже предоставляется, но сумма НДФЛ считается как без вычета.
И ещё - есть ведомость в банк от 01.04.2021, по ней выплачивалась материальная помощь, начисленная в марте. Если распровести эту ведомость - то НДФЛ в отпуске рассчитывается нормально.

(0) Такое видел неоднократно уже, похоже на ошибку.