Судя по коду, ТЧ ВидыЗапасов перезаполняется в любом случае при перепроведении. И указанный руками ВидЗапасов не сохраняется, заменяясь на первый по дате прихода.
Какой вообще тогда смысл этого механизма?
Единственное, когда выбранный ВидЗапасов сохраняется - при отключении контроля остатков по организации. Но это такой себе выход... Даже если отключить на время перезаполнения ТЧ

Может есть еще какие варианты явно указывать ВидЗапасов?