Веб сервер - ISS
При запуске одной из баз, выдаётся  Ошибка HTTP 500.0 — Internal Server Error
Причем другие конфигурации на этом же сервере работают корретно.

И точно эта же база, на другом сервере тоже работает корректно (т.е. ошибка не должна быть в компиляции).

В чём может быть дело ?

смотри свойства конкретного узла(базы) конкретного инстанса IIS.

(0) Это явно что-то с 1С.

(1)
публиковал стандартно, и одну и другую базу..
разницы не должно быть

ошибка 500 - это ошибка кода 1с (либо компиляции модуля)

еслита жебаза на другом сервере работает - то ошибка компиляции менее вероятна (но также возможна)

(5)
как можно отловить эту ошибку ?

https://softonit.ru/articles/1c/http500-iis-1c/

(7)
так в другие базы нормально заходит...

на этом же сервере?

(9)
да, на том же сервере

У меня иногда веб-сервер вешался, когда в 1с были ошибки. Один из вариантов, это бесконечные циклы. И тогда до бесконечности все остальные ждут ответа от сервера. Веб-сервис однопоточный. А другой из вариантов, это рекурсии или что-то еще, что до бесконечности хавает память. Тогда веб-сервис просто вешался.

базы серверные, сервер х64?

(10) включи подробные сообщения в параметрах страниц ошибок