Запрос возвращает большой объем данных.
Обход результата запроса идет по группировкам, далее - вложенная Выбрать().
Пока ВыборкаНоменклатуры.Следующий() Цикл
     ....
     ВыборкаХарактеристик = ВыборкаНоменклатуры.Выбрать(ОбходРезультатаЗапроса.ПоГруппировкам);
     Пока ВыборкаХарактеристик.Следующий() Цикл
        ....
     КонецЦикла;
КонецЦикла;

Основное время тратится на эту строку:
ВыборкаХарактеристик = ВыборкаНоменклатуры.Выбрать(ОбходРезультатаЗапроса.ПоГруппировкам);
Можно ли как-то ускорить получение данной выборки? Может есть каки-то механизмы типа индексирования результата запроса?

Эээ, может запрос странный, покажи его хоть

(0) >> Основное время тратится на эту строку:
ВыборкаХарактеристик = ВыборкаНоменклатуры.Выбрать(ОбходРезультатаЗапроса.ПоГруппировкам);

Очень странно: или замер глючит, или всё другое реально заоптимизировано.

(1) Запрос гигантский, нет смысла выкладывай. Сам запрос оптимизирован и выполняется более-менее быстро.
(2) Там очень много данных в результате запроса. Данная строка выполняется более 100 тыс раз.

Если запрос возвращает больше сотни тысяч значений, может - следует пересмотреть условия? Зачем тебе столько результатов?

(3) Тогда логично: если запрос "простой", а результат объемный.
Покажи замер, строк 5-10 из топа по времени

сделай плоскую таблицу и меняй группировку сам по мере смены значения характеристики

> Данная строка выполняется более 100 тыс раз.
И сколько в абсолютном времени это занимает?

Т.е. более ста тысяч - это только ассортимента. Характеристик в разы больше, значит. Плюс вся хурма - выборка действительно немаленькая может выйти. А складируется она, ЕМНИП, во временные файлы. Если тормоза на таких базовых вещах - эффективнее смотреть на производительность звеньев инфраструктуры, чем на оптимизацию исходного кода. Ну там на SSD выноситься или в память.