Имеем две конфигурации, свежесозданные из cf, с пустым списком пользователей. Одна конфигурация спокойно открывается в режиме предприятия, а вторая выдаёт сообщение "Запуск информационной базы с пустым списком пользователей невозможен". Собственно вопрос, а что влияет на появление или не появление этого сообщения?

Наверное конфигурации разные. От наличия и версии БСП зависит.

(1) Разные, конечно. Версии БСП 1 и 2, в 2 выдается сообщение. А отключить как-нибудь малой кровью можно?

Сообщение оторвать можно. Только работать ничего не будет. &ТекущийПользователь используется дофига где в механизмах БСП.

(2) добавить пользователя и указать ему аутентификацию ОС

(4) Запуск режима предприятия автоматически происходит, из Автоматической проверки конфигураций. Буду там копаться, может чего не заметил.