Платформа 8.3.16.1148, конфигурация КА 2.4.11.84
В таком запросе:
ВЫБРАТЬ
    РН.Период КАК Период,
    РН.АналитикаУчетаПоПартнерам КАК ключ,
    РН.АналитикаУчетаПоПартнерам.Организация КАК Организация,
    СУММА(РН.СуммаНачальныйОстаток) КАК ОН,
    СУММА(РН.СуммаКонечныйОстаток) КАК ОК
ПОМЕСТИТЬ втОстатки    
ИЗ РегистрНакопления.РасчетыСКлиентами.ОстаткиИОбороты(&ДН, &ДК, МЕСЯЦ) КАК РН
СГРУППИРОВАТЬ ПО РН.Период, РН.АналитикаУчетаПоПартнерам
;
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
    РН.Период КАК Период,
    СУММА(РН.ОН) КАК ОН,
    СУММА(РН.ОК) КАК ОК
ИЗ втОстатки КАК РН
ГДЕ РН.Организация = &орг
СГРУППИРОВАТЬ ПО РН.Период, РН.Ключ

начальный остаток следующего месяца <> конечный остаток предыдущего (в первом месяце - ОК, в остальных конечный остаток верный, начальный - нет).

Материал: https://its.1c.ru/db/metod8dev#content:3093:hdoc читал.
Чувствую, есть существенное непонимание предмета.
Предполагал, что из-за отсутствия движений в месяце по каким-то ключам - толком проверить не смог.
Буду весьма благодарен за разъяснение.

Пересчет итогов через ТиИ для начала

(0) Может тут проблема?
СГРУППИРОВАТЬ ПО РН.Период, РН.Ключ
Или добавь в выборку ключ или убери из группировки.

Попробуй для начала убрать ВСЕ группировки

Условие РН.Организация = &орг обычно помещают в параметры

(1) Да делали уж.
(2) Виноват: в самом тексте запроса группировки по РН.Ключ нет. Ошибся, когда копировал сюда текст запроса.
(4) Если в параметр виртуальной таблицы, то ОК.

(5) Как делали?

(6) Вроде, регламентным заданием.
Я думаю, дело не в актуальности итогов. По разным регистрам такая картина: поставишь отбор и группировку по реквизиту ключа и остатки не совпадают.
Если же делать для каждого месяца по отдельности, то ОК.
Чувствую, что чего-то не понимаю.

(7) Ясно. Перечитывать (1) до наступления просветления.