Есть расширение с хранилищем.  
Кто-то может объяснить почему, когда захватываю документ рекурсивно, потом правлю в нем модуль команды(!) и модуль формы. Потом сохраняю конфигурацию. Потом помещаю рекурсивно документ в хранилище. Переподключаю хранилище - изменений в команде нет(!!!), а изменения в форме есть!
При этом отдельно захватить команду документа в хранилище тоже нельзя!

Кеш.

(1) Не помогло

(2) Плохо или не там почистил. Легко проверить. Удали базу из списка и добавь заново.

В том смысле, что если изменений в хранилище нет, то сами они уже не появятся. Они туда не попали из-за сбойного кэша.

(3) Ну дак так и делал. Удалил базу из списка и добавил заново. Переподключился к хранилищу. Заново внес изменения, поместил в хранилище, переподключился к хранилищу - изменений в модуле команды нет.