пишу
sudo chmod 700 /mnt/d/PGDB/
проверяю
drwxrwxrwx 1 1000 1000   4096 Aug  6 17:49  PGDB

понятно, что там папка на виндовом диске.
и что теперь? как под WSL оккупировать папку на втором диске?

Так ты не сможешь сделать chmod на виндовом диске, сам же понимаешь.
Делай открытие доступа к папке средствами винды. Добавь пользователя для папки, дай ему нужные права. Нужные консольные команды можно выполнять прямо из WSL.