В Документе "Отражение зарплаты в бух. учете" (сводный без детализации по сотрудникам), перенесенном из ЗУПа, в части строк, где есть новые значения реквизита "СпособОтраженияЗарплатыВБухучете" оставляет "Объект не найден" вместо того, чтобы создать новый элемент справочника.
В xml файле выгрузки из ЗУП вижу новое свойство, вижу нормальную выгрузку его реквизитов (наименование, уникальный идентификатор).
Загружал правила загрузки (CorrespondentExchangeRules) в конвертацию 2.0, в правиле обмена СпособыОтраженияЗарплатыВБухУчете стоят флаги
"Искать объект приемника по внутреннему идентификатору объекта источника", "Продолжать поиск по полям поиска, если по идентификатору объект приемник не найден".
Больше никаких флагов не стоит, то есть не вижу что запрещает создать новый элемент с guid и наименованием из файла выгрузки.

Если создать вручную способ расчета с наименованием = наименованию в выгрузке, реквизит успешно подтягивается в документ при следующей загрузке, то есть поиск по полям поиска работает.
Только не создается новый элемент.

Куда посоветуете посмотреть в правилах еще ?

"Не создавать новый объект если не найден" - что там?

[url=https://radikal.ru][img]https://b.radikal.ru/b39/1907/bb/f4e2762b228d.png[/img][/url]

По-моему это единственный флаг, который влияет на твою проблему

(2) (3)
http://b.radikal.ru/b39/1907/bb/f4e2762b228d.png

Попробуй посмотреть в отладчике при загрузке

(5) а куда лучше спозиционироваться ?

(5) ап