Настраиваю в УПП, заметил, что делают по забалансовому операции через кредит, это правильно? Или надо забалансовый в дебете и сумма с минусом?

Программа - всего лишь инструмент. Обратитесь к методологии.
По дебету забалансовых счетов отражаются получение имущества, получение и выдача обеспечений, а по кредиту - выбытие имущества и прекращение обеспечений.
Кроме того могут быть и сторнирующие записи. Так что однозначного ответа на ваш вопрос нет, все зависит от отражаемой хоз. операции.

спасибо, значит у них правильно