При сравнении/объединении есть возможность объединять отдельно форму и отдельно модуль формы. Первый скриншот по ссылке http://v8.1c.ru/o7/201404merge/index.htm .
Пробую на платформе 8.3.10.2699, но и форма, и модуль имеют общую настройку объединения.
Я не про флажки, а про настройку - Форма: взять из файла и Модуль: Взять из файла. Просто при обновлении, когда нужно исключать код из модуля, зачастую появляются баги на форме, а если форму брать из файла, то нормально.
(0) Может у конфигурации стоит какой-то режим совместимости ниже 8.3.6?
Я точно не знаю - влияет ли это на возможности сравнения/объединения (по идее должно).
А так по идее ничего не надо делать для включения этой возможности.