Есть два входящих платежа, как на основании них выписать одну СФ в бухгалтерии предприяти 3.0, и чтобы они в книгу покупок стали одной строкой?

С точки зрения Минфина так можно:
ПИСЬМО Минфина РФ от 28.03.2007 N 03-02-07/1-140:

"В случае если оплата (частичная оплата) перечислена продавцу товаров (работ, услуг) на основании нескольких платежно-расчетных документах, то в выписываемом и выставляемом счетах-фактурах следует указывать все номера этих документов."

Ты бы хоть открыл саму форму сч.-ф. и увидел тч платежные документы, в которой о сюрприз! можно добавлять номера и даты платежных документов!!11

Адын...адын кофэ и два булка))))))))))))))(счет-фактура таки ОН)