Есть класс справочник со своими стандартными реквизитами, все созданные справочники наследуют реквизиты класса справочник. Табличная часть справочника наследует что либо из самого справочника?  Логически табличная часть является элементом самого справочника, в котором она создана?

Не надо путать агрегацию и наследование.

Скорее даже композицию.

"Логически табличная часть является элементом самого справочника, в котором она создана?" // Нам отсюда не видно, где и что у тебя там создано...

(2) Инкапсуляцию

(4) Не, тут другая тема.
Инкапсуляция в 1С имитируется разве что неэкспортными методами модулей.

(5) Не имитируется, а реализуется.