Пробовал
ИндексПодразделения = РегистрыСведений.ИндексыНумерации.ПолучитьИндексНумерации(Подразделение);
не получилось.

(0) А в регистре точно есть такая функция?

А вообще, в ДО редакции 1.3 в общем модуле Нумерация есть функция ПолучитьИндексОбъекта(Объект)

(2) Спасибо, сделал так:
ИндексПодразделения = РегистрыСведений.ИндексыНумерации.Получить(Новый Структура("Объект", Подразделение)).Индекс;