Опишу свои действия:

1. Создал справочник "Справочник1".
2. Создал документ "Документ1", у него создал реквизит "Справочник1" тип   "СправочникСсылка.Справочник1".
3. Создал последовательность "Последовательность1", в нем измерение "Справочник1" с типом "СправочникСсылка.Справочник1".
4. Указал в последовательности что участвует "Документ1", для измерения задал "Документ.Документ1.Реквизит.Справочник1".

5. Запустил 1С в режиме пользователя, зашел в справочники и создал один элемент с кодом 1.

И теперь самое интересное, создал обработку, в ней прописал код:

Процедура КнопкаВыполнитьНажатие(Кнопка)
    

    ДокументОбъект = Документы.Документ1.СоздатьДокумент();
    ДокументОбъект.Записать(РежимЗаписиДокумента.Проведение, РежимПроведенияДокумента.Неоперативный);    

КонецПроцедуры

далее, открыл модуль документа и прописал следующий код:

Процедура ПередЗаписью(Отказ, РежимЗаписи, РежимПроведения)

    Справочник1 = Справочники.Справочник1.НайтиПоКоду(1);
    Дата = ТекущаяДатаСеанса();
    
    
КонецПроцедуры

Заходим снова в 1С в режиме пользователя, открываем обработку и нажимаем на кнопку "Выполнить", документ создался, дата и реквизит заполнены, документ проведен.

Открываем консоль, пишем простой запрос:

ВЫБРАТЬ
    Последовательность1.Регистратор КАК Регистратор,
    Последовательность1.Период КАК Период,
    Последовательность1.Справочник1 КАК Справочник1,
    Последовательность1.МоментВремени КАК МоментВремени
ИЗ
    Последовательность.Последовательность1 КАК Последовательность1

В результате видим: "Период" и "Справочник1" ПУСТЫЕ. Это правильно?

Тестил на 8.3.8 и 8.3.10.

Вместо процедуры ПередЗаписью заполни реквизит Справочник1 перед строкой  ДокументОбъект.Записать(
Убедись, что этот реквизит заполнен в документе.

(0) а почему реквизит должен автоматически попадать в измерения последовательности? А если подходящих реквизитов много, или они даже в табличной части?

(3) в настройке последовательности указывается какой реквизит

(2) именно так и работает.
Объект заполняем перед записью, как ты советуешь - тоже объект заполняется перед записью. Только первый случай не отрабатывает, а втррой отрабатывает - в чем ращница этих двух объектов?

(4) в п.4 это сделал.