Если разбираешься и имеешь доступ к настройкам My SQL то лучше одним запросом, если нет - тогда порциями по 10 тыс, например. Вообще делал запись одним запросом 90 тыс позиций - порядка 2 сек. Нет там никаких глюков. При обрыве соединения в момент записи большой порции, если запрос написал правильно - My SQL норм отрабатывает отмену порции.
Свой варик
Требовать и эффективности, и гибкости от одной и той же программы — все равно, что искать очаровательную и скромную жену... по-видимому, нам следует остановиться на чем-то одном из двух. Фредерик Брукс-младший