есть запрос, но он игнорирует слово ИЕРАРХИЯ в итогах:

ВЫБРАТЬ
    ВЫБОР
        КОГДА &ПоКатегориям
            ТОГДА СоответствиеНоменклатурыКатегориям.Категория
        ИНАЧЕ НоменклатураРодителиВДополнительнойИерархии.РодительВДополнительнойИерархии
    КОНЕЦ КАК Родитель,
    СпрНоменклатура.Ссылка
ИЗ
    Справочник.Номенклатура КАК СпрНоменклатура
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.Номенклатура.РодителиВДополнительнойИерархии КАК НоменклатураРодителиВДополнительнойИерархии
        ПО СпрНоменклатура.Ссылка = НоменклатураРодителиВДополнительнойИерархии.Ссылка
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.СоответствиеНоменклатурыКатегориям КАК СоответствиеНоменклатурыКатегориям
        ПО СпрНоменклатура.Ссылка = СоответствиеНоменклатурыКатегориям.Номенклатура
ИТОГИ ПО
    Родитель ИЕРАРХИЯ

а вот такой нормально выполняется:

ВЫБРАТЬ
    СоответствиеНоменклатурыКатегориям.Категория КАК Родитель,
    СпрНоменклатура.Ссылка
ИЗ
    Справочник.Номенклатура КАК СпрНоменклатура
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.Номенклатура.РодителиВДополнительнойИерархии КАК НоменклатураРодителиВДополнительнойИерархии
        ПО СпрНоменклатура.Ссылка = НоменклатураРодителиВДополнительнойИерархии.Ссылка
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.СоответствиеНоменклатурыКатегориям КАК СоответствиеНоменклатурыКатегориям
        ПО СпрНоменклатура.Ссылка = СоответствиеНоменклатурыКатегориям.Номенклатура
ИТОГИ ПО
    Родитель ИЕРАРХИЯ

Как сделать чтобы и первый выполнялся нормально?

СоответствиеНоменклатурыКатегориям.Категория - ссылка на справочник с иерархией элементов

ну раз никто не хотел помочь, то решение вот:

ВЫБРАТЬ
    ВЫБОР
        КОГДА &ПоКатегориям
            ТОГДА СоответствиеНоменклатурыКатегориям.Категория
        ИНАЧЕ НоменклатураРодителиВДополнительнойИерархии.РодительВДополнительнойИерархии
    КОНЕЦ КАК Родитель,
    СпрНоменклатура.Ссылка
ПОМЕСТИТЬ Т
ИЗ
    Справочник.Номенклатура КАК СпрНоменклатура
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.Номенклатура.РодителиВДополнительнойИерархии КАК НоменклатураРодителиВДополнительнойИерархии
        ПО СпрНоменклатура.Ссылка = НоменклатураРодителиВДополнительнойИерархии.Ссылка
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрСведений.СоответствиеНоменклатурыКатегориям КАК СоответствиеНоменклатурыКатегориям
        ПО СпрНоменклатура.Ссылка = СоответствиеНоменклатурыКатегориям.Номенклатура
;

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
    Т.Родитель КАК Родитель,
    Т.Ссылка
ИЗ
    Т КАК Т
ИТОГИ ПО
    Родитель ИЕРАРХИЯ

все как всегда странно и просто