Выяснила что это не как не связано с настройками пользователей. И такой момент. Нашла очень старую обработку которую я не трогала, она тоже не открывается в отдельном окне! Остается один вариант что это на уровне 1с происходит.
В общем все решилось, ппц конечно времени ушло вагон. На объекте внешней обработки не стояло галки "Основной объект"!!!
Требовать и эффективности, и гибкости от одной и той же программы — все равно, что искать очаровательную и скромную жену... по-видимому, нам следует остановиться на чем-то одном из двух. Фредерик Брукс-младший