Конфигурация "Управление торговлей для Украины" 3
1. Настроил обмен с сайтом
2. По логике работы остатки должны выгружаться по регистру "Свободные остатки"
3. Документ "Заказ покупателя" со статусом "К обеспечению" - делает движения по этому регистру
но в обмен не регистрируется
4. Стоит выгружать только измененные объекты

Подскажите, пожалуйста, где копать?

А зачем тебе регистратор если у тебя только остатки?

(1) для того чтобы на сайте показывались реальные остатки "минус" резерв