Окно объединения показывает неразрешимые ссылки, обнаружены ссылки на следующие объекты помеченные на удаление.
Например Общий модуль тестирование, в конфигурации есть, а в конфигурации поставщика нет, убираю галочку , обновление происходит, но потом ..... дублирование объектов метаданных.
Релиз платформы 1С:Предприятие 8.3 (8.3.7.1873).
Думаю , что это ошибка релиза платформы.

Ты сравнивай с галочкой "Сравнивать по именам"

Нажал кнопочку настройка и не увидел данной опции.

А, точняк, это только в обычном сравнении есть такая возможность

потом можно путем поиска понять какой модуль из них правильный и старый переименовать в дубль и возможно, что все будет правильно работать, но как это неправильно.

Удали ты этот проблемный ОМ без контроля и обновись

Удалить его сложно он имеет ссылки и это не единственный объект.