Бухгалтера хотя восстановить последовательность с 01.01.2014 по текущий момент. Но последний раз проводилась данная операция 30.05.2013 и соответственно граница рассчитывается с 30.05.2013 по ТекДата. Вопрос в следующем: Если я принудительно установлю границу последовательности на 01.01.2014 корректно ли пройдет обработка?

(0) "корректно ли пройдет обработка?"
А сам как думаешь?
Если у тебя с 30.05.2013 по 31.12.2013 дров наломано столько, что алкоголя во всех супермаркетах твоего города не хватит разгрести, то ты обязательно пропусти этот период, но потом не говори нигде, что восьмерка сырая и недоработанная.

Нет, не корректно. Ещё некорректно учёт УСН называть НУ. НУ ведётся для расчёта налога на прибыль.