Здравствуйте!
Идет обмен между двумя конфигурациями одним документом (база 1 и база 2).
Шапка документа: поля для обмена - дата и номер
Табличная часть: Номенклатура, количество, цена, сумма

Обмен прошел. Теперь в базе 2 открывают документ, и дополняют его:
Шапка документа: выбирают контрагента и склад
Табличная часть: продавец.

Когда идет повторный обмен, заполненные данные из ТЧ затираются, а в шапке остаются.

Подскажите, куда копать?

и каким же образом идет обмен?

а что не так?
у вас к обмену отмечечно следующее: дата, номер, табличная часть
При выполнении обмена эти данные повторно и подтягиваются.
Склад и контрагент не участвуют в обмене вот и не обновляются при повторном обмене

(1) Через универсальный обмен
(2) Да, но в ТЧ  графа продавец тоже не участвует в обмене

(3) как вы себе представляете обмен, который будет анализировать текущий состав вашей ТЧ и выполнять заполнение только "нужных" реквизитов. А если у вас в ТЧ больше строк чем в загружаемых данных? А если после первой загрузки вы изменили порядок строк?
Естественно табличная часть обновляется полностью, если в загружаемых данных некоторые реквизиты не указаны - они будут незаполнены после загрузки.

(4) Спасибо, теперь понятно.

А какие могут быть варианты как это можно обойти?

(5)
- заполняйте реквизиты при выполнении обмена,
- делайте заполнение тч "вручную", анализируя те данные, которые в нее уже внесены.
- запретите обновлять данные в ранее загруженных объектах