Взлетит ли 1С на сервере 2012 R2? Какие могут быть проблемы, подводные камни?

взлетит.
Камень только один. Это 1с

(0) да
ни каких
у 1С есть ограничения по MS SQL
по серверу приложений -нет

(1) это радует! :) просто в списке совместимых ОС на сайте 1С сервера 2012 Р2 нет.

а если серьезно, сам пробовал?

(2) а какие ограничения по SQL?

Тут недавно один писал. Привезли ящик с 2012, ставит 1С, а она из коробки не работает. В итоге поставил 2008 сервер, взлетело сразу.
Так что мой ответ: Может не взлететь, может взлететь не сразу.