По моему одна из сложных вещей для первоначального понимания.
Есть вопросы. Возможно, их приходится решать многим.
Итак.
1. Есть "Помощник исправления остатков товаров организаций"
   Я так понимаю, он помогает восстанавливать и оформлять передачу  товаров между организациями.
Так вот, не совсем понятно почему выдается в списке для формирования передачи через "Оформить передачу" документ, в котором нет строк в табличной части.
2. Насколько правильным будет оформлять эти документы в конце каждого месяца? Или, может быть, нужно каждый день это делать(данном случае количество документов возрастает, что естественно)?
3. Что будет если сделать закрытие даже если существуют какие-то записи в отчете "Недостаточно товаров организаций"?
Продолжение следует...

1) сначала отрецательные исправь, потом "развернутые" виды запасов. а потом уже думай о остальном. он может ошибочные данные показывать если не все сделано корректно
2) это решать вам (вашему бизнесу
3) некорректно рассчитается стоимостная оценка товара на складе все остальное что за этим следует тоже.

А что подразумевается под "все остальное что за этим следует тоже"?
Насчет того, что "он может ошибочные данные показывать если не все сделано корректно", похоже, так и есть.
"3) некорректно рассчитается стоимостная оценка товара на складе" это пока не очень волнует.
Сейчас у них и так с себестоимостью черт ногу сломит. Поэтому в данный момент, это не очень критично. Главное, чтобы потом не было проблем. Сейчас реализовать, как в работающей 7.7 схему "купи-продай" и в УТ11 уже наводить порядок.

И еще.
Обработкой сформированы передачи товаров по которым не было реализаций и, вообще, не было никаких движений. Это что за фантомные движения такие?

Может кто проснулся?