Вот все знают, что если у реквизита поставить признак "индексировать", то создастся индекс, состоящий из 2-х колонок - самого реквизита и ссылки.

А если создать критерий отбора - то индекс создастся из одной колонки - только значения реквизита.

Зачем так сделано?

Ну и голосовалка, что лучше :)

Мне нравится объяснение (2). Сразу из индекса получают и ссылки, без поиска в основной таблице. Актуально для методов СправочникМенеджер типа Выбрать(),  НайтиПоРеквизиту() .