Вот фото http://s1.ipicture.ru/uploads/20130808/eeLv1i1D.jpg
по какой причине произошло? как грамотно лечить куда смотреть? конфа настроена

что было, была конфа не на поддержке, для удобства обновления взял оригинальную конфу и накотил туда свою конфу не на поддержке, в результате получилась изменённая конфа на поддержке, далее файлами обновлениями пытаюсь обновлять и возникает такая хрень

Не полностью обновляешь конфу...

(2) обновляю только то что как она галочки проставляет

только не понятно в моём случае она что план счетов хочет чтобы я обновил?

как вообще можно проверить что ей не нравиться?

Если доступна кнопка продолжить - то всё норм, жмякай. потом опять сравни, и убедись что всё норм.
Зы. бэкап конечно есть?

(6) бекапы есть, спасибо