Кто может сказать как скажется на работе отчета, если в запросе используется 90 временных таблиц?
Это видимо вообще плохо?

а зачем столько?
А вообще - нормально

(0) В чем суть задачи?

(0) Может работать быстрее чем с использованием 90 вложенных запросов.

Отчет делаю в СКД, там же рисую макет.
Там по смыслу почти одинаковые запросы получаются, только с разными параметрами на условие.

сложно представить задачу для которой требуется 90 ВТ наверняка там эмуляция перебора на запросах

(4) Так может вместо параметров в условиях перенести их в поля ВЫБОР КОГДА?

(5) Да я и сам понимаю что очень криво пишу, но что то других идей не пришло в голову.

При написании запросов следует держаться этих правил http://its.1c.ru/db/v8std#browse:13:-1:66:95, и того, что советует Гилев http://www.gilev.ru/optimquery/. Если позволяет навык - тогда уже Профайлер и план запроса в руки.

(0) Эти 90 таблиц используются в одном запросе включая подзапросы или в последовательных запросах? Если в одном - не удивлюсь неразумно значительному времени исполнения такого запроса.
Я думаю, Вам будет правильнее обрабатывать эти таблицы последовательными запросами, заодно и количество временных таблиц наверняка получится уменьшить в разы.