Весть товар приходит на основную организацию, часть продается от имени управленческой организации, если в документе реализации поставить налогообложение "продажа облагается НДС", документ видит остатки от основной организации, и списывает их, если поставить "продажа не облагается НДС", то пишет что превышен остаток организации.

Это так и должно быть? Остатки по организации контролируются в разрезе систем налогообложения?

Судя по всему Остатки по Организациям контролируются в разрезе Организаций

(1) Интеркампани настроена, и если делать отгрузку от другой организации но с в той же системе налогообложения то все норм.

вверх

см (1)

(4) И что (1) если есть (2)? Повторюсь, отгрузка по комиссии в той же системе налогообложения что и в организации в которой есть остатки проходит нормально, просто продажа проходит нормально даже при  другой системе налогообложения, почему то только при передаче требует остатков в той же системе налогообложения.

Отключить контроль остатков по Организации-источнику есть возможность?

(6) Да есть, но при этом схема Интеркампани перестает работать ....