Когда-то давно уже задавал этот вопрос. Остановились на том, что винда кеширует файловую систему.
Загуглил, нашёл как отключить кеширование (Диспетчер устройств - Диск - Политика - Разрешить кеширование), отключил, перегазрузися - ситуация та же.
Куда смотреть? В MySQL кеширование и статистики отключены