Недавно стояла такая же задача. Что сделали.
1. Загрузили чистую конфигурацию.
2. Обновили.
3. Вернули доработки.
4. Переносом дополнили данные из не обновленной конфигурации.
Если все будет грамотно, то будет успешно.
Независимо от того, куда вы едете — это в гору и против ветра!
