Уже достаточно давно происходит односторонний обмен УТ->БП, сейчас решили перенести недостающие справочники из БП в УТ.
Для примера смотрю справочник статей затрат. По правилам выгрузки, поиск осуществляется по наименованию и признаку ЭтоГруппа. Создаю в УТ элемент справочника с аналогичным названием, как в БП, но при обмене он "задваивается", т.е. как-будто в БП поиск не происходит и создается новый.
Может не так правила смотрю?
Если он не зарегистрирован для обмена, то как он попал в базу? В КД правила открывал? Посмотри, там в ПКО твоего справочника должна стоять галочка "Продолжить поиск по полям поиска, если по идентификатору объект приемника не найден", возможно не стоит.