Сделал простенький запрос
   Запрос = Новый Запрос;
   Запрос.УстановитьПараметр("ДатаДокумента",КонецДня(ДатаДокумента));
   Запрос.Текст = "ВЫБРАТЬ
                  |    ХозрасчетныйОстатки.СуммаОстатокКт КАК НакопленнаяАмортизацияБУ,
                  |    ХозрасчетныйОстатки.Субконто1
                  |ИЗ
                  |    РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.Остатки(КОНЕЦПЕРИОДА(&ДатаДокумента, ДЕНЬ), Счет = ЗНАЧЕНИЕ(Плансчетов.Хозрасчетный.НакопленнаяАмортизацияНематериальныхАктивов), , ) КАК ХозрасчетныйОстатки";
Ставлю значение параметра 31.12.2012. В эту дату по определенному субконто было движение в 23;59;59. Так вот остаток запросом выгребается без учета этого движения. Платформа 1С:Предприятие 8.2 (8.2.17.143)

Вопрос, собственно - в чем может быть проблема?

Или след. день бери или границу ставь.

ДатаОстатков  = Новый Граница(КонецДня(ДатаДокумента), ВидГраницы.Исключая)
Запрос.УстановитьПараметр("ДатаДокумента",ДатаОстатков);

сори, вместо ВидГраницы.Исключая
ВидГраницы.Включая

v8: Остатки на конец дня

Книга "Реализация прикладных задач в системе 1С:Предприятие 8.2"
Глава 4. стр. 518-519

(3) нАОБОРОТ ВидГраницы.Включая !!!

По умолчанию Остатки - Исключая, Обороты - Включая.

Спасибо большое - граница помогла. Просто получается в запросе к Регистру бухгалтерии если юзать дату, а не границу то можно получить не всегда верный результат(

(8) это так платформа работает, ничего сверхъестественного, просто помни об этом