Одно ИП 3 магазина, у каждого сделали свою префикс и получается номера дублируются, нормально ли это?
При том, что префикс в печатной форме не печатается

Можно настроить что-бы печатался.

По идеалогии 1С (префиксы не печатаются) выходит так, что документы одного вида вводятся только в одном месте... или в учетной политике прописать, что у каждого подразделения(магазина в данном случае) - своя автономная нумерация документации.

то есть впринципе если будут префиксы а номера одинаковые, это не наказуемо?

(3) Ага, щаз!!!! У тебя для каждого магазина своя организация заведена или это префикс РИБ?

+(4) "Ага, щаз!!!!" - немного не так написал))) Если будут префиксы, то не наказуемо)

(5) Опять немного не так написал :)

(шутка) Префикс не печатается? Ай, ай - печалька... и спасибо фирме 1С за то, что она до сих пор не реализовало в типовых переключатель в настройке для печать номеров с префиксами или без них - это хлебушек воробышкам-прогерам поклевать :)

(без шуток) Если есть в общем модуле ОбщегоНазначения функция ПолучитьНомерНаПечать() - измени примерно так:

Если Документ = Неопределено Тогда
  Возврат 0;
Иначе
  Возврат СокрЛП(Документ.Номер);
КонецЕсли;
...