Надо в запросе соединить две таблицы:

Номенклатура - количество - склад
И
Номенклатура - количество

Первая это приход, вторая вычет из прихода.

Например есть
Деталь - 3 - склад1
Деталь - 4 - склад2

сотрудник нам должен 5 деталей:
Деталь - 5

Значит после вычета получим таблицу
Деталь - 0 - склад1
Деталь - 2 - Склад2

ИЛИ
Деталь - 2 - склад1
Деталь - 0 - Склад2

Без разницы.
Можно ли это сделать в запросе без потери данных о складах ?

(0) можешь всё положить на один один склад или распределить поровну запросом

ФИФО в запросе хочешь? не выйдет

да похоже нельзя.. думаю выйти на время из запроса, провести расчеты в цикле, потом обратно в запрос