В списке организаций 5 организаций данные по которым не нужны и бух настаивает на очистке данных по ним.

Единственный вариант удалять все документы и элементы справочников по организациям?

(0) А чем этот вариант не устраивает?

100 раз уже было.
или план обмена ПоОрганизации - и выгрузить нужную

(1) муторно 5 организаций вычищать