Руководство с 01/09/2012 переводит всех на ненормированный рабочий день. В связи с этим всем сотрудникам проставили дни доп.отпуска. Вопрос - как сказать программе, что остаток по доп. отпуску должен считаться с 01/09/2012?

входишь в справочник остатки отпусков организаций и фигачишь всем сотрудникам нули на дату первое сентября. Это же элементарно, Ватсон.

Те если сотрудник работает с 01/05/2010, то я ввожу строчку, что за период 01/05/2010 - 31/08/2012 остатков отпусков 0?

Остатки не бывают за период. Остатки - это на какую-то дату.
Да и не забудь поставить вид отпуска ДопОтпуск. А то ты сейчас все основные отпуска подчистишь.

Доп. отпуск - проставил, само собой. Но при вводе остатков отпусков требует ввести период.