Есть-ли конфигурация, где складской учет и учет продаж можно вести в разрезе двух характеристик?

сделать характеристику с двумя свойствами?

А чем одна с допреквизитами не устраивает?

характеристика + серия не?

да и одна характеристика может быть набором 2х свойств в УТ

заводишь характеристика цвет/размер и задаешь все возможные значения- сочетания

(1),(2)А можно будет в таком случае отчетность по продаже и складу в таком виде посмотреть :

Товар 1 - 100 шт.
черный -- 75 шт.
большой   --- 40 шт.
маленький --- 35 шт.
белый - 25 шт.
большой   --- 10 шт.
маленький --- 15 шт.

и меняя иерархию цвета и размера?

меняя иерархию недописывая нет, все остальное можно

(6) Excel уже не катит? Выгрузи и смотри или отчет с кросс таблицей.