Допустим...есть документ поступления товара, отдельно создаю документ поступления услуги(например, доставка), далее создаю регламентный док-т распределение расходов на себестоимость - доп расходы распределяются в зависимости от созданной статьи расходов....короче все правильно, все в отчете отражается...
а как поступить, если поступление товара по нескольким док-м(например, 5 накладных), а услуга-доставка - одна, за все 5 поступлений?

В чем проблема не понятно. У тебя есть например документ "Поступление прочих активов", указываешь там пять строчек с твоими накладными. Сумму на калькуляторе делишь.

надо автоматизировать это дело...ведь если 5 накладных 3-на 1000р, одна на 20000 и одна на 500000, то и доп расходы должны делиться в зависимости от суммы по накладной, а если раскидать расходы на доставку, например 10000р на все эти накладные...т.е по 2000р...это будет не правильно....

У меня как раз уже стоит подобная задача в очереди... Делается это я думаю максимум за час с перекурами, если делать внешками то возможно дольше.