Требуется удалить в настройке по умолчанию СКД одну группировку:

 НатсройкиПоУмолчанию = КомпоновщикНастроек.ПолучитьНастройки();
 НатсройкиПоУмолчанию.Структура.?

 как дальше?

Так для отборов для группировок примерно также
ЭлементыКомпоновщикаНастроек = Настройки.Отбор.Элементы;
       
       ПолеПодразделение = Новый ПолеКомпоновкиДанных("ПодразделениеОрганизации");
       Для Каждого Элемент из ЭлементыКомпоновщикаНастроек ЦИкл
           Если Элемент.ЛевоеЗначение = ПолеПодразделение Тогда
               Элемент.ВидСравнения = ВидСравненияКомпоновкиДанных.Равно;
               Элемент.ПравоеЗначение = мПодразделениеОргазации;
               Элемент.Использование = Истина;
               Прервать;
           КонецЕсли;
       КонецЦикла;

(1) Делаю так:
   НатсройкиПоУмолчанию = КомпоновщикНастроек.ПолучитьНастройки();
   Для Каждого СтрокаГруппировки Из НатсройкиПоУмолчанию.ДоступныеПоляГруппировок.Элементы Цикл
   .....
Однако, У СтрокаГруппировки нет свойства Использование