В базе несколько организаций. Для одной платежки печатаются без префикса, в другой с префиксом. Где настроить чтобы печатались без префикса?

Никто не встречался с такой ситуацией?

(0) Префикс организации точно совпадает с префиксом документов?

(2) Да

Вообще-то в типовой КА (и других тоже) при печати документа из его номера удаляются префикс ИБ и префикс организации, а потом еще и нули.
Значит у Вас:
1. НЕ типовой модуль печатает платежки
2. ИЛИ не совпадают префиксы документов и организации

+4 Скопируйте сюда префикс организации и номер документа. Посмотрим.