Для начала идентичные 7ные базы. Нужно выгрузить основные средства. Спарвочники выгрузятся без проблем, а вот, как остатки той базы загрузить в новую? То есть нужно сформировать док ввода остатков. ну или что-то подобное (поступление, принятие к учету), не нашел как такое делается.

Все правильно. Любыми документами, которыми в базе-приемнике можно ввести нужные остатки. В книжке есть примеры произвольного формирования нужных документов.