Смысл такой, типовая, чуть-чуть переделанная УТ10.3, сравниваю основную конфигурацию с конфигурацией поставщика, сравнение выдает маленькие изменения в формах, однако когда лезу на уровень кода, вижу явные следы нетиповых изменений кода. Вот и вопрос, почему сравнение с конфигурацией поставщика не показывает этих самых изменений в коде, т.е. для конфигурация поставщика уже включила в себя нетиповые изменения, как это получилось?

(0) [вижу явные следы нетиповых изменений кода]
и в конфигурации поставщика есть те же изменения - значит конфигураций поставщика две

может он снятые с поддержки не выводит

(1) Конфигурация поставщика - одна. Но вот поставщик, видимо, не фирма 1С.

Раздобудь файл cf типовой (из установочных шаблонов например), сравни с ним.

(2) +100

Просто кто-то свои доработки делал путем обновления, чтобы не включать возможность редактирования конфигурации. Готовил свои файлы поставки и ими "обновлял": в итоге на конфигурации могут висеть "замкИ" и при этом она не будет типовой