КомпоновщикМакета = Новый КомпоновщикМакетаКомпоновкиДанных;
МакетКомпоновки = КомпоновщикМакета.Выполнить(СхемаКомпоновкиДанных, НастройкиОтчета, ДанныеРасшифровки,,Тип("ГенераторМакетаКомпоновкиДанныхДляКоллекцииЗначений"));

ПроцессорКомпоновкиДанных = Новый ПроцессорКомпоновкиДанных;
ПроцессорКомпоновкиДанных.Инициализировать(МакетКомпоновки);

ПроцессорВывода = Новый ПроцессорВыводаРезультатаКомпоновкиДанныхВКоллекциюЗначений;
ТаблицаДанных = Новый ТаблицаЗначений;
ПроцессорВывода.УстановитьОбъект(ТаблицаДанных);
ПроцессорВывода.Вывести(ПроцессорКомпоновкиДанных);

В данном примере результат выгружается в таблицу значений,
есть ли возможность немного подкорректировать таблицу значений и загрузить ее обратно для вывода стандартными средствами?

Можно создать еще одну схему, в которую передать ТЗ в качестве внешнего источника данных.

(1) Можно, только что делать с отборами, группировками, параметрами?
В выводимом табличном документе они не будут присутствовать.

Может стоит призадуматься и доработку таблицы сделать в СКД? или постобработку табличного документа замутить?

Посмотрите вот здесь, сегодня выложил обработку. Там в качестве источника СКД - ТЗ и программная установка параметров.

http://infostart.ru/public/118305/

(2) Если схему сделать правильно, всё будет.