Средствами прямого запроса к скулевской базе получаем ID элемента справочника.
Теперь чтобы передать полученное значение в функцию 1С (средствами Web-расширения) надо полученный ID превратить в ссылку справочника (ObjectRef) Эта задача вообще решаема?
Не знаю, как насчет Веб-расширения, но в обычном приложении все просто:
ЗУП_ДокСсылка = Документы.МойКрутойДокумент.ПолучитьСсылку(Новый УникальныйИдентификатор(ЗУП_УИД));